В декабре 1939 года его арестовывают органы НКВД, где допрашивали, по его словам, часто с «пристрастием», что явно не укрепляло доверия генерала к советской власти.
В беседе с уполномоченным Генштаба РККА по формированию польской армии на территории СССР генерал-майором А. Панфиловым 16 августа 1941 года В. Андерс и З. Шишко-Богуш (глава польской военной миссии в СССР) сообщили, что польская армия будет формироваться путем обязательного призыва и на добровольных началах. Польские генералы предполагали, что обмундирование и снаряжение они получат из США и Англии, а стрелковое вооружение и боеприпасы им передаст СССР.
Была достигнута договоренность, что в лагерях НКВД для польских военнопленных будут созданы призывные комиссии. Существовала лишь одна оговорка, — в Армию Андерса призываются только граждане Польши.
На заседании смешанной, советско-польской, комиссии 19 августа 1941 года Андерсу и Шишко-Богушу было сообщено, что командование Красной Армии согласилось на формирование 2 стрелковых дивизий.
В составе каждого соединения планировалось иметь 10 тыс. человек. В создаваемом запасном полку численность не должна превышать 5 тысяч человек. Срок готовности — 1 октября 1941 года.
Правительством СССР выделялся финансовый кредит для нужд формирующейся армии.
***Однако НКВД не спешил реализовывать указ об амнистии и совместное постановление СНК и ЦК ВКП (б) от 12 августа 1941 года. В лагеря военнопленных была даже направлена директива Берии за № 00429, предписывающая строго поддерживать прежний режим охраны заключенных.
Проводилась активная, порой грубая с угрозами вербовка поляков для вступления в Красную Армию. Об этих фактах даже жаловались главе польской миссии военнопленные генералы Е. Волковицкий и В. Пшездецкий, которые якобы в лагере постоянно сталкивались «со злонамеренно некультурным отношением и моральным террором».
Призывные советско-польские комиссии прибыли в лагеря военнопленных 23 августа, и после завершения их работы 2–6 сентября подавляющее большинство поляков было направлено на формирование польской армии в Бузулук, Татищево и Тоцк.
После пребывания в тюрьмах, лагерях, на специальных поселениях, после долгих месяцев недоедания, болезней и изнуряющего принудительного труда люди попали в армию крайне истощенными. В результате неорганизованного наплыва людей при формировании 5-й и 6-й дивизий и резервного полка стали ощущаться проблемы в обеспечении продовольствием.
Цифра желающих служить в польской армии быстро росла.