Также для его умозаключений никак не послужило стимулом наблюдение во время пребывания на Галапагосских островах любопытного разнообразия клювов у вьюрков. Обычно рассказывают (или, по крайней мере, так у многих отложилось в памяти), будто, переезжая с острова на остров, Дарвин заметил, что на каждом из них клювы вьюрков были удивительно приспособлены для использования местных источников пищи — на одном острове они были крепкими и короткими, хорошо справлявшимися с раскалыванием орехов, тогда как на другом клювы были длиннее и тоньше и лучше подходили для вытаскивания пищи из трещин, — и это якобы навело его на мысль, что птицы не были созданы такими, но в известном смысле создали себя сами.
Птицы действительно сами сформировали себя, но заметил это не Дарвин. Ко времени путешествия на «Бигле» он только что окончил университет, еще не был опытным натуралистом и потому не обратил внимания, что все эти галапогосские птицы принадлежали к одной разновидности. То, что птицы, которых обнаружил Дарвин, все были вьюрками с разными способностями, понял его друг, орнитолог Джон Гулд.
Из-за различных недосмотров и оплошностей и необходимости разбирать бесчисленные ящики с остальными образцами, прибывшими на «Бигле», только в 1842 году, спустя 5 лет после возвращения в Англию, Дарвин наконец взялся за первые наброски своей новой теории.
Причина заболевания так и не была установлена. Самое романтичное и, пожалуй, наиболее вероятное из многих предположений состоит в том, что он страдал от болезни Чагаса, мучительного тропического заболевания, которое подхватил в Южной Америке от укуса одного из видов жуков.