Но при всем том он сразу взялся за расширение рукописи до размеров книги. Он временно назвал ее «Краткий очерк происхождения видов и разновидностей через естественный отбор» — заголовок настолько сухой и условный, что издатель, Джон Мюррей, решил напечатать всего 500 экземпляров. Но, получив рукопись с чуть более привлекающим внимание заглавием, Мюррей передумал и увеличил тираж до 1250 экземпляров.
«Происхождение видов» сразу получило коммерческий успех, но не похвалы у критиков. Теория Дарвина сталкивалась с двумя неустранимыми трудностями.
Фактически имевшиеся тогда находки (как и много времени спустя) не обнаруживали никаких признаков жизни вплоть до момента знаменитого кембрийского взрыва.
Но тут Дарвин безо всяких доказательств настаивал, что древние моря кишели живыми существами и что мы пока еще их не нашли, просто потому что по каким-то причинам они не сохранились. Иначе и быть не могло, утверждал Дарвин. «В настоящее время вопрос вынужденно остается необъяснимым и может по праву быть использован в качестве аргумента против излагаемых здесь взглядов», — со всей откровенностью признавал он, однако отказывался допустить противоположную возможность.
Даже ближайшие друзья Дарвина были обеспокоены беспечной необдуманностью некоторых его утверждений. Адам Седжвик, который учил Дарвина в Кембридже и брал его на геологические изыскания в Уэльсе в 1831 году, говорил, что книга доставила ему «больше огорчений, чем удовольствия».
Т. Г. Гексли претили настойчивые утверждения Дарвина об огромных сроках геологического времени, поскольку сам Гексли принадлежал к сальтационистам, то есть придерживался взглядов, что эволюционные изменения происходят не постепенно, а сразу, внезапно.