В это время другие отряды, при поддержке артиллерии быстро продвигались к центру и к порту. Попытки защитников города остановить продвижения, безжалостно пресекалось картечным огнем по испанскому строю. После чего стрелки добивали выживших, и отряд двигался дальше. Третьи подразделения, по параллельным переулкам и проулкам, вышли в тыл защитникам баррикад на второстепенных направлениях и совместной атакой с тыла и фронта, уничтожили эти препятствия для вхождения в город захватчиков. После чего, остальную часть города прошли почти без боестолкновений, и вышли на противоположную окраину Панамы.
Через полтора часа все было закончено и защитников города и его жителей начали сгонять в местный собор, куда уже поместили городского алькальда дона Франсиско де Баррионуэво с его рехидорами-советниками и остальной административно-управленческой братией местного кабильдо, захваченных в центре в здании кабильдо. Плененному городскому алькальду и другим членам и чиновникам местного городского совета, без проволочек предложили выплатить за город, порт, жителей и часть их имущества выкуп в 1 000 000 песо серебром.
Захват порта, с его складами, мастерскими и пирсами, так же не нанес нападавшим невосполнимых потер, с полдесятка раненых и не одного убитого. Зато на рейде порта оказался, стоящий на якоре галеон, по словам пленных, пришедший вчера в порт, с грузом королевского серебра и драгоценностями богатых торговцев Перу, перевозящих ценности в метрополию.