Археологи выяснили, что в качестве орудий труда использовались бронзовые или каменные инструменты, глыбы шлифовались при помощи песка. Блоки соединялись подобно пазлам — некоторые из элементов имеют до 30 углов. Совместить отдельные части воедино, придав строению нужные очертания, было очень непростой задачей. Дворцы вельмож, сановников и храмы облицовывали тонкими каменными плитками.
В Мачу-Пикчу можно насчитать около 200 зданий, большинство из которых являлись жилыми. На территории города имелись свои храмы, склады, административные и общественные строения.
Впоследствии именно вторая версия нашла подтверждение, т. к. среди останков, обнаруженных в «затерянном городе», нашли гораздо больше мужских скелетов, чем женских.
О том, что Мачу-Пикчу являлся самой настоящей крепостью, говорит и характер некоторых построек. Например, сооружение, обнаруженное у берега реки Вильканотой, опоясывает стена, составленная из огромных каменных блоков. Крепость располагается на неприступном утесе, небольшие домишки плотно прижимаются к стене.
Мачу-Пикчу имел четкую планировку из секторов. Культурным сердцем «затерянного города», бесспорно, являлся храм Солнца. Святилище еще иногда называют храмом Трех окон. Для инков число три являлось весьма символичным, так, по легенде, именно через три окна вошли в земной мир три правителя-основателя инкской цивилизации.
Если подняться по длинной гранитной лестнице выше Священной площади, то можно обнаружить еще одно культовое место, Интиватана. Интиватана представляет собой многоугольную глыбу внушительных размеров, вырубленную из скалы.