Так, например, к изданию трудов Птолемея он составил примечания, которые поразили читателей глубиной и последовательностью научного анализа.
Через год после первого трактата Сервет издал сочинение «Два диалога о природе и четыре главы о справедливости царства Христова», которое отличается от его предыдущей книги. Не отходя от своих принципиальных позиций, ученый делает значительный шаг в сторону пантеизма: в этом труде образ христианского Бога-Отца у него постепенно расплывается, превращается в нечто бесконечное, неведомое и непознаваемое.
Сервет даже не предполагал, какой переполох вызовут его сочинения в среде духовенства. Подумать только! Дерзкий юнец осмелился замахнуться на догмат о Святой Троице и поднял свой голос против троичности Бога! Трактат возмутил и католиков, и протестантов, и кальвинистов, и они потребовали, чтобы нечестивца подвергли самому суровому наказанию.
В Лионе Сервет серьезно увлекся медициной, и интерес к этой науке зашел у него так далеко, что он снова решил перебраться в Париж с его богатейшими библиотеками. Теперь он мог себе это позволить, так как скопил достаточно денег, чтобы некоторое время заниматься тем, чем желал, и не думать каждый день о куске хлеба.
"Свои занятия Сервет начал в ломбардской коллегии университета, усиленно занимался анатомией, встречался с А. Везалием — известным ученым эпохи Возрождения, и за короткое время достиг таких успехов, что знаменитый в то время профессор Винтер предложил ему стать его ассистентом. Через несколько лет учебы в университете М. Вилланову были присуждены сразу две степени — доктора медицины и магистра искусств. Старейшие профессора поздравляли своего нового коллегу, а он думал лишь о том, что наконец-то обретет независимость и будет читать лекции, заниматься собственными исследованиями и писать.
Однако в действительности перспективы оказались не такими радужными. Сервет стал читать лекции по географии, математике и астрономии, но стоило ему отойти от установленных традиций и высказать собственные представления по тому или иному вопросу, как это вызвало резкое недовольство университетского начальства.