В Преображенском приказе ответили, что супругов Чистовых в Патриарший духовный приказ не поведут, а сами допросят их. Патриарший приказ не стал тягаться с Преображенским приказом и только сообщил, о чем следует спросить Чистовых Из переписки Преображенского приказа неизвестно, как он действовал в этом деле.
В середине сентября 1717 года умер князь Ф.Ю Ромодановский — управляющий Преображенским приказом, в начале 1718 года все были заняты делом царевича Алексея и царицы Евдокии Федоровны, и только летом вспомнили, что следует допросить Ивана, сына Аввакумова.
„По донесению Вознесенского попа Ивана Феоктистова держится он в Патриаршем духовном приказе многое время напрасно, потому что де объявленный Троицкий поп и дьячок по допросам своим никакой вины на него, Ивана, не показали. А третий свидетель, показанный подьячий Чистов и жена его в Патриарший духовный приказ не сысканы… И чтоб повелено было его, Ивана, отпустить на поруки.
Из Приказа церковных дел Ивана отправили в Санкт-Петербург, где он был препровожден к П. А. Толстому — члену Тайной канцелярии. Тот в присутствии Невского архимандрита Феодосия) вновь допросил Ивана, сына Аввакумова, который опять подтвердил, что „желает быть от усердия в вере православной, а от раскольников отрицается и их проклинает“.
В ноябре 1720 года Ивана, сына Аввакумова, отправили для исправления в Невский монастырь, но архимандрит Феодосии не захотел принять его и отправил назад в Тайную канцелярию.
И архимандрит Феодосии посоветовал П.