Уже шесть раз прочел он Священную Библию, пять раз на славянском и один раз на немецком языках, и тщательно просмотрел всех греческих святых писателей и с другими священными и светскими книгами… На немецком и французском языках изъясняется он и пишет правильно; ежедневно выучивает что-нибудь наизусть, рассуждает о великих императорах и королях, основательно и представляет себе славные дела их к подражанию. Наставления в математике и телесных упражнениях также в воспитании его не забыты“. Пышных придворных праздников царевич не любил, и если все же приходилось на них присутствовать, то уклонялся от разговоров о делах военных и политических, собирал вокруг себя людей духовных и углублялся с ними в богословские рассуждения.
Но в начале 1705 года барона Гюйсена отправили за границу с дипломатическими поручениями, где он пробыл четыре года. Царевич долгое время жил в Преображенском, ничего не делая. Было ли удаление от царевича нужного человека только ошибкой, а не сознательным шагом, началом сложной интриги? Поручения, данные Гюйсену, может быть, на самом деле были важными, но разве их нельзя было возложить на кого-то другого? Как мог царь ради них пожертвовать делом государственного значения — воспитанием наследника престола? И не были ли тут замешаны интересы других лиц, которые повлияли на царя?
По мнению историка М.
П. Погодина, злоумышленный совет отправить Гюйсена в чужие края дал царю светлейший князь А Д. Меншиков. Петр I назначил его гофмейстером к своему сыну, но тот самым непростительным образом пренебрег воспитанием царевича.
У А. Д. Меншикова, по словам М. П. Погодина, уже тогда будто бы было преступное намерение приучить царевича к праздности и лени, дать ему возможность свободно проводить время с его родными, держащимися старины, и тем самым приготовить будущий разрыв с отцом. Ему было все равно, прилежен ли царевич во время уроков или ленив, он даже одобрял попов, которые внушали Алексею церковную обрядность и отвращение ко всем новшествам отца.
Впоследствии при венском дворе царевич жаловался, что А. Д. Меншиков дурно обращался с ним, приучал к пьянству, „дал дурное воспитание, всегда меня утеснял, не заставлял учиться и от юности окружил дурными людьми и дураками“.
Бракосочетание отца с Мартой Скавронской при жизни его матери, царицы Евдокии Федоровны, было оскорбительно для царевича Алексея. Ропот духовенства, недовольного этим поступком царя, еще больше восстановил царевича против отца.