Тот очень ловко скрыл настоящую причину своего прибытия и уверил всех, что его прислали узнать, в каком положении находятся узники и по возможности облегчить их участь. Капитан каждый день навещал Долгоруких, обедал с ними, гулял по городу, а когда выяснил все, что было нужно, отбыл в Тобольск. И на другой же день после его отъезда князя Ивана Алексеевича отделили от семьи и заключили в землянку. Кормили его грубой пищей и очень скудно, лишь бы он не умер с голоду.
В сентябре 1738 года, в темную дождливую ночь, к Березову подплыло судно. На него посадили князя Ивана Алексеевича, воеводу Бобровского, майора Петрова, поручика Д. Овцына, казачьего атамана Лихачева, боярина Кашперова, березовских священников и некоторых других жителей. Несчастных привезли в Тобольск и сдали все тому же капитану Ушакову, который теперь явился перед ними грозным и неумолимым судьей.
"Князя Ивана Алексеевича во все время следствия содержали в тобольском остроге прикованного к стене — с кандалами на руках и ногах. Измученный нравственно и физически, он впал в нервное состояние, бредил наяву и даже рассказал о том, чего у него и не спрашивали — о составлении подложного завещания императора Петра II.