Они даже потребовали, чтобы правитель казнил Ибн-Сину, но тот на казнь не согласился, а для успокоения мятежников отстранил ученого от должности. После этого Ибн-Сина в течение сорока дней скрывался в доме одного местного жителя, однако через некоторое время заболевший эмир вновь вызвал его к себе. Ибн-Сина излечил эмира, после чего был восстановлен в должности.
Народ любил ученого, и маленькую площадь перед домом Ибн-Сины всегда заполняли люди, среди которых были богатые и знатные. Однако больше было больных, жаждущих исцеления от чудодейственных рук знаменитого врача.
Если простой народ любил ученого, то правителям он часто был неугоден. После смерти эмира Шамса ад-Давла, в правление его сына, враждебно относившегося к ученому, Ибн-Сине вновь пришлось скрываться в доме знакомого, где он закончил несколько основных разделов своей «Книги исцеления». Когда Ибн-Сина работал над своим трудом, правитель Хамадана заподозрил его в сношениях с правителем Исфахана и приказал посадить ученого в крепость Фарджан, которая была возведена на высокой скале неподалеку от Хамадана для защиты подступов к столице.
Едва Ибн-Сина вошел в предоставленное ему помещение, как в голове его начали складываться горькие строки:
Вхождение мое в эту крепость явно, как ты сам видишь, Но совершенно сомнительно дело моего выхода из нее."
"Кто знает, не суждена ли и ему участь несчастного старика, который потерял в тюрьме не только молодость и память, но и рассудок! В крепости Ибн-Сина пробыл более четырех месяцев. Однако он не позволял себе долго задумываться над своей печальной судьбой.