Костюшко отрицал, что хотел ввести в Польше тот порядок правления, который тогда существовал во Франции, но признал, что имел сведения о намерениях революционной Франции субсидировать польское восстание деньгами. Он откровенно заявлял, что, если бы Франция могла содействовать возвращению Польше отнятых у нее областей и установлению в стране формы правления, согласной с желаниями польского народа, он лично не препятствовал бы заключению польско-французского трактата. Не скрывал Т. Костюшко и того, что Польша заключила бы союз и с Турцией, если бы та объявила войну России.
"Почти ежедневно генерал-прокурору А. Н. Самойлову доносили о каждом слове и действии, а также физическом и душевном состоянии узника: находился ""в превеликой задумчивости"" или""грусти"", ""беспрестанно плакал"", сидел ""с утра до вечера на одном месте"". В декабре генерал-прокурор передал узнику в крепость послание, в котором говорилось: ""Река не позволяет мне приехать Вас видеть… сие время употребите в пользу. Вот вам бумага, на которой положите апологию жизни вашей; начните с обстоятельств, принадлежащих до конституции 3 мая (1791 г.
""Апологию"" своей жизни Т. Костюшко изложил в очень лаконичной форме — по-французски, крупным и четким почерком, с минимальным числом упоминаемых фамилий. Впоследствии генерал-прокурор предлагал ""главному бунтовщику"" дополнительные вопросы, но ответы того были столь же краткими и почти не содержали материала, необходимого следствию для обвинения других вождей восстания.
Вскоре от Т. Костюшко отступились и даже перестали требовать от него соблюдения тюремного режима. Екатерина II, по-видимому, не собиралась строго наказывать бывших подданных польского короля. Императрице поскорее нужно было дипломатически оформить третий раздел Польши, и для укрепления своей позиции в переговорах с Пруссией ей совсем не помешали бы добрые отношения с оказавшимися в плену мятежными поляками. Поэтому охране Т. Костюшко было приказано внимательно следить за его здоровьем, сам генерал-прокурор не раз хлопотал об оказании медицинской помощи вождю повстанцев.
В конце марта 1795 года Т. Костюшко ""по причине слабого здоровья позволили прогуливаться в саду, когда он пожелает, с тем дабы при нем в то время по два офицера находились"".