После смерти митрополита Алексия на Руси разгорелась жесткая борьба за вакантный митрополичий престол, в которой приняли участие разные политические силы, в том числе византийские и литовские исихасты. Сам Дмитрий Донской, будучи ярым противником византийских исихастов, хотел видеть на митрополичьем престоле в Москве своего духовника, архимандрита Спасского монастыря Михаила (Митяя), однако во время его поездки в Константинополь при очень странных обстоятельствах тот неожиданно скончался. В результате этого «конфуза» фортуна улыбнулась архиепископу Пимену (1380―1389), который был утвержден митрополитом Киевским и всея Руси по подложным грамотам великого князя.
Понятно, что Дмитрий Донской не признал нового митрополита и не пустил его в Москву. Та же самая «кручина» приключилась и с другим митрополитом — Киприаном (1380—1406), который после острого конфликта с Дмитрием Донским сразу после Тохтамышева нашествия не по своей воле отъехал в Киев, где быстро установил приятельские отношения с литовским князем Витовтом ― давним противником Дмитрия Донского.
Вплоть до смерти великого московского князя фактическим главой Русской митрополии был суздальский архиепископ Дионисий (1383—1385), а после его смерти — влиятельный троицкий игумен, преподобный Сергий Радонежский (1385—1390). И лишь в 1390 г. митрополит Киприан вновь перебрался на митрополичий престол в Москву и вплоть до своей смерти оказывал огромное влияние на политику Василия I.
После смерти Киприана митрополитом Киевским и всея Руси стал новый выходец из Византии архиепископ Фотий (1408―1431), который де-факто стал соправителем обоих великих князей и тайным агентом Вильно в Москве.
Но после смерти Фотия началась очередная борьба за митрополичью кафедру между московскими и литовскими епископами. В этой затянувшейся церковной смуте ни одна из сторон не достигла решающего перевеса, и в 1437 г. в Москву прибыл новый ставленник Константинополя архиепископ Исидор.
Вскоре по прямому указанию константинопольского патриарха Григория III митрополит Исидор отправился в Италию на Флорентийский собор, где вошел в число активных сторонников объединения православной и римско-католической церквей под верховной властью римского папы. По итогам работы этого собора была подписана печально знаменитая Флорентийская уния (1439), которую на Руси посчитали недопустимым отступлением от канонов истинного православия.
