Эти обстоятельства стали причиной того, что первоначально Иван III активно поддерживал и покровительствовал нестяжателям и еретикам, поскольку светская власть решительно отвергала все притязания церковников на верховенство и открыто выступала за секуляризацию огромных земельных владений Русской православной церкви.
В 1503 г. при активной поддержке нестяжателей на очередном церковном соборе Иван III попытался реализовать правительственную программу секуляризации церковных земель. Столкнувшись с мощным сопротивлением иосифлян, великий государь вынужден был отступить, а затем дать свое согласие на расправу с еретиками.
"В декабре 1504 г. в Москве вновь собрался церковный собор, целиком посвященный «проблеме еретиков». Наряду с Иваном III его заседания впервые вел и «великый князь всея Русии Василей Иванович». Вместе с митрополитом Симоном оба великих государя «обыскаша еретиков и повелеша лихих смертною казнью казнити».
В отечественной исторической науке (А. Кузьмин, Р. Скрынников, Н. Казакова) существует традиционное представление о том, что после кончины Нила Сорского движение нестяжателей возглавил его верный ученик Вассиан Патрикеев, принявший монаший постриг после опалы его влиятельного отца, который приходился кузеном самому Ивану III. Их оппоненты (В.