В самый разгар обсуждения этого вопроса, когда торговый и служилый люд Новгорода, Пскова, Торопца и Великих Лук «за его государское дело обещали покласть своя животы и головы, чтоб государева рука везде была высока», совершенно неожиданно выступила оппозиция, которая потребовала от царя отменить опричнину и прекратить все казни служилых князей и бояр. Иван Грозный пришел в неописуемое бешенство, в результате чего 300 челобитчиков были арестованы, а ряд из них, в том числе глава челобитчиков князь В.Ф. Рыбин-Пронский, казнены.
По информации ряда смутных источников, в сентябре 1567 г. Иван Грозный через английского посланника Э. Дженкинсона передал королеве Елизавете I (1558―1603) свою просьбу о предоставлении ему убежища в Англии. Якобы эта просьба была связана с известием о каком-то заговоре в земщине, поставившим своей целью свергнуть законного царя с престола и передать власть его кузену, князю В.А. Старицкому. Однако, как заявил профессор Р.Г. Скрынников, этот принципиальный вопрос так и остался неразрешенным, поскольку невозможно установить, действительно ли земщина составила какой-то заговор, или все свелось к банальной болтовне оппозиционного толка.
Новой крупной жертвой очередной волны репрессий стал влиятельный глава земской Боярской думы боярин Иван Петрович Челядин-Федоров, который по ложному доносу был обвинен в заговоре в пользу князя В.А. Старицкого и в начале 1567 г. сослан на воеводство в Полоцк. Затем последовала опала самого князя В.А.
Новые казни вызвали резкий протест со стороны нового главы Русской православной церкви митрополита Филиппа (Федора Степановича Колычева), который открыто потребовал от царя упразднить опричнину. Его гневная речь, адресованная самому Ивану Грозному, была продиктована не только тем, что он был самым искренним противником политики опричнины, но и тем важным обстоятельством, что в числе опальных оказались князь В.
Резкий демарш митрополита Филиппа заставил царя отдать давно подготовленный приказ об окончательной расправе над боярином И.П. Федоровым, которого летом 1568 г. привезли в Москву и подвергли жестокой казни вместе с его многочисленными слугами и холопами.