Агентами Фуше оказались самые высокопоставленные лица Франции, в их числе Жозефина Бонапарт (Богарне), люди из окружения генерала Наполеона, директора Барраса и короля Людовика XVIII.
Узнав, что Баррас готов отдать власть Людовику XVIII в обмен на герцогский титул, Фуше сделал ставку на Наполеона, находившегося в 1799 г. в египетском походе. Именно в те дни любвеобильная Жозефина Богарне завела себе сразу троих любовников и с легкостью попала в сети Фуше: распутница вынужденно согласилась стать осведомительницей, хозяин даже платил ей за информацию.
Переворот 9 ноября 1799 г., который официально признан историками как финальная точка в революции, Фуше «проспал» и очень «удивился», когда ему сообщили о случившемся. Наполеон и Фуше всем в карьере были обязаны Баррасу, но именно Барраса они и свергли.
Едва Наполеон захватил власть, началась борьба между его семьей – матерью, братьями и сестрами – и союзом Жозефины с Фуше. Клан Бонапартов требовал от Наполеона коронации и монархии, Жозефина и Фуше были против.
Вечером 24 декабря 1800 г. монархисты попытались взорвать карету с Наполеоном, уже ставшим к тому времени консулом. Фуше за две недели раскрыл заговор и арестовал его организаторов.
Интриган потребовался вновь лишь в 1804 г. Именно Фуше поручил Наполеон подготовку сановников к возведению его в императоры.
С этого времени Наполеон оказался под колпаком у Фуше. Министр отслеживал каждый его шаг, все его дела – от личных финансовых до постельных.