Вскоре император Септимий Север повелел замуровать священную усыпальницу.
В последующие века в Александрии происходили ожесточенные религиозные столкновения, после чего саркофаг с телом полководца бесследно исчез. Но то и дело появляются легенды, подогревающие интерес к вопросу: где находится таинственное захоронение?
Многие исследователи считают, что мечеть пророка Даниила построена на месте мавзолея Александра Македонского. Некоторые арабские историки сообщали, что сами якобы посещали гробницу Искандера Двурогого и молились в его «мечети», которой мусульмане приписывали особую святость.
В 1850 году появились новые слухи. Привратник русского консульства проник в подземелье мечети Наби Даниэль и через провал в стене увидел в хрустальном саркофаге тело человека в золоченых одеждах и с царской короной на голове. Толпы александрийцев кинулись в эту мечеть, но, увы, там ничего не обнаружили.
Уже в наше время, в 1996 году французские археологи во главе с Франком Годдио проводили подводные поиски в маленькой египетской бухте у мыса Абукир.
Греческий археолог Лиана Сувалидис узнала из летописи о существовании мраморного саркофага Александра в Сидоне, на котором была изображена битва македонян с персами. Но летопись утверждает, что тела прославленного полководца там никогда не было. Однако в 1989 году Лиана Сувалидис начала раскопки в районе оазиса Сива, который в древности считался местом, где покоится Александр.
На главной стеле была надпись: «Александр, Амон-Ра.