В юности он находил величайшее удовольствие в разговорах с последователями Платона, Хрисиппа и Аристотеля. Обучение Аполлония длилось до шестнадцати лет, затем он вступил в пифагорейскую общину и, приняв присягу, стал служить ее идеалам. В храме Асклепия, где он служил, юноша стал изучать магию, ясновидение, телепатию и медицину. Следуя пифагорейским традициям, он питался только фруктами и овощами. В своих познаниях Аполлоний достиг небывалых вершин. Где бы он ни появлялся, он всех удивлял своими поступками.
В Риме Аполлоний был обвинен в измене. Придя на допрос, его обвинитель вышел вперед, развернул свой свиток с записанным на нем обвинением и в изумлении обнаружил, что лист чистый.
"Встретив похоронную процессию, Аполлоний сказал сопровождающим: «Опустите гроб на землю, и я высушу слезы, которые вы проливаете над этой девушкой». Он дотронулся до молодой женщины, произнес несколько слов, и мертвая вернулась к жизни. Когда он был в Смирне, в Эфесе свирепствовала чума, и Аполлоний отправился туда. Только он успел сказать: «Путешествие не может быть отложено», — как тут же оказался в Эфесе.
Идеи пифагорейцев были покрыты тайной, знания передавались из уст в уста. Пифагорейцы уделяли большое внимание магии чисел, различным системам гадания, развивали учение кабаллы.
Когда Аполлонию было около ста лет, его привели к императору Рима и по обвинению в чародействе надели на него кандалы. Перед тем как отправить Аполлония в тюрьму, его спросили, когда он выйдет на свободу? «Завтра, если это зависит от судьи.
На трибунале его спросили: «Почему люди называют тебя богом?» «Потому, — сказал он, — что каждый человек, который добр, имеет право так называться». «Каким образом ты предсказал чуму в Эфесе?» Он ответил: «Благодаря тому, что я живу на более легкой пище, чем другие люди».