В ходе военных действий Цезарь разгромил египетские войска. Спасаясь бегством, Птолемей XIII утонул в Ниле. Клеопатра осталась царицей Египта, а место фараона занял второй брат, одиннадцатилетний Птолемей XIV, слишком юный, чтобы помешать ей в чем бы то ни было.
Мечтая о возрождении могущества своего государства, Клеопатра проводила время с очарованным ею Цезарем. Она ждала от него ребенка.
Но обязанности призывали Цезаря в Рим. Вскоре после отъезда римлянина Клеопатра родила мальчика, которого нарекли Птолемеем Цезарем, но чаще называли Цезарионом.
"Вскоре Клеопатра вместе с сыном получила от Цезаря приглашение прибыть в Рим. Появление египетской царицы с богатой свитой произвело в столице империи сенсацию. Клеопатра остановилась в вилле на берегу Тибра, но попыток скрыть свою связь с Цезарем не делала. Происхождение Цезариона ни для кого в Риме не было тайной. Противники Цезаря подозревали, что он намерен жениться на Клеопатре и основать царскую династию, которая владела бы Римом и Египтом.
Убийство Цезаря 15 марта 44 г. до н. э. в мартовские иды перечеркнуло планы Клеопатры. В своем завещании Цезарь назначил наследником не Цезариона, а своего родственника Гая Юлия Октавиана. Положение Клеопатры становилось весьма неопределенным. Она была чужеземной царицей, восседающей на троне по милости Рима. Клеопатра не хотела терять этой поддержки. В предчувствии, что вот-вот вспыхнет война между сторонниками Цезаря и его убийцами, она возвращается в Египет и оттуда наблюдает за развитием событий.
Октавиан, Марк Лепид и консул Марк Антоний, ближайший сподвижник Цезаря, считавший себя его наследником, заключили триумвират и начали войну с его убийцами. Одержав победу, они поделили между собой римские провинции. Весть о поражении убийц Цезаря воодушевила Клеопатру: она знала Антония и видела в нем будущего властелина империи.
Получивший восточные провинции и Галлию, Антоний после войны делает триумфальное путешествие по Греции и Малой Азии. В конце лета он прибывает в столицу Киликии Тарс. В письме к Клеопатре он просит о встрече с ней. Клеопатра рассчитывала на его поддержку в сохранении египетского трона и, возможно, даже на признание Цезариона законным наследником Цезаря. Кроме того, она знала, что и она сама, и ее страна нужны Марку Антонию.