Стража обходилась с ним не только грубо, но и жестоко, заколотив в его келье наглухо все окна железными решетками. Никону запретили писать и получать письма, только изредка доходили до изгнанника смутные слухи о том, что делается в Москве и как проходит восстание Степана Разина. Тяжело приходилось ему в заточении: деятельная натура Никона жаждала широкой общественной деятельности, а в стенах монастыря ему было тесно и душно. Но ни бедность содержания, ни угнетения не поколебали его неукротимого духа… Обаяние низложенного патриарха и в унижении было велико.
Между тем не только народ, но и сам царь по доброте сердца своего почувствовал вскоре утрату столь великого мужа. Он нередко вспоминал о бывшем патриархе с сожалением, посылал ему необходимые вещи и подарки. Алексей Михайлович сознавал, что виноват перед ним, что наказал не так, как наказывает монарх своего подданного, хотел примириться с ним и просил его благословения.
В Москве всполошились и произвели дознание: донос не подтвердился, но перед кельей Никона стали постоянно дежурить 20 стрельцов с дубинами. Старика стесняли в чем только было можно, и он стал хиреть и чахнуть.
"Я болен, наг и бос; сижу в келье затворен четвертый год. От нужды цынга напала, руки больны, ноги пухнут, из зубов кровь идет, глаза болят от газа и дыму. Приставы не дают ничего ни продать, ни купить; никто ко мне не ходит, и милостыни не у кого просить.