Сопровождаемый слезами народа, Никон уехал на Воскресенское подворье, откуда через три дня удалился в Воскресенский монастырь…
Бедные люди видели в гонимом патриархе своего отца и усерднейшего помощника во всех делах. Но не дремали и недоброжелатели, которые так настроили царя, что он потребовал поместного Соборного суда над Никоном. На нем было решено избрать нового патриарха, а Никона лишить даже архиерейства и священства. Такое усердие смутило Алексея Михайловича, который считал Никона виновным перед собой, светским монархом, но не перед духовным судом.
1. Дела важные и чрезвычайные требуют долговременного исследования, и потому должны решаться с величайшей осторожностью.
2. На основании правил иерархи Русской Православной Церкви не могут судить своего Судью и Владыку; патриарха должны судить патриархи.
Но несмотря на это, царь поручил заведовать патриаршими делами Крутицкому митрополиту Питириму. У Никона отобрали некоторые владения, принадлежавшие патриаршей кафедре; без его согласия стали выходить царские именные указы (чего раньше никогда не было) о постановлении монастырских властей и других священно-и церковнослужителей…
Александрийский патриарх Паисий Лигарид пытался помирить царя и патриарха, но потом сошелся с боярами и архиереями и стал открыто против Никона. С его подачи Алексей Михайлович решил обратиться к вселенским патриархам, как к верховным судьям православной церкви.