Всем, кто медлил с исполнением его приказов, грозили тяжелые цепи, деревянные колодки на шею, тюрьма и т. д.
Еще в 1652 году, давая согласие на патриаршество, Никон поставил условие — полное послушание со стороны царя и бояр и невмешательство в церковные дела. Он был воспитанником русского монастыря и потому смотрел на патриаршество как на игуменство в большом монастыре. А монастырская жизнь — это прежде всего послушание, подвиг добровольного отречения от своей воли в пользу настоятеля, который печется о душевном спасении своих чад.
С согласия царя патриарх ввел строгий надзор за нравственным состоянием населения. При нем накануне Страстной седмицы запечатывались все питейные заведения и лавки, торговавшие спиртным. Также поступали в Великий пост и в другие посты, накануне великих праздников и воскресных дней, так как они должны были проходить в чистоте и радости духовной. Но при всей внешней суровости к нарушителям церковного благочестия Никон был очень сострадательным человеком. Он принимал от народа челобитные, добивался от царя быстрых и справедливых решений по ним; на праздничных патриарших трапезах всегда накрывался стол для нищих, увечных, слепых и бездомных людей.
С октября 1653 года по настоянию царя Никон стал именоваться не великим господином (как было принято для патриархов), а великим государем — одинаково с царем.