Такого высокого и влиятельного положения не достигал ни один из глав русской церкви, однако патриаршество Никона оказалось недолгим. Война с Польшей отвлекала внимание царя от внутренних дел государства. Находясь при войске, Алексей Михайлович все дела передал патриарху, и Никон таким образом стал неограниченным правителем России. Однако за время войны царь отошел от опеки патриарха, привык к самостоятельности, а у Никона, наоборот, черты самовластия развились еще больше. Боярство не упускало случая бросить тень на патриарха, но пока он был в силе, делалось это исподволь.
"Летом 1658 года в Москву приехал грузинский царевич Теймураз, в честь которого был дан торжественный обед. Но Никона на него не пригласили, и это стало первым оскорблением, нанесенным патриарху. При торжественном въезде царевича в Кремль царский окольничий князь Б. Хитрово грубо оскорбил патриаршего боярина князя Д.
Бездействие царя особенно уязвляло патриарха. В день празднования Казанской иконы Божьей Матери (8 июля) царь не пришел на первую службу, не присутствовал он и при крестном ходе Через два дня, после утрени праздника Положения Ризы Господней, к патриарху явился от царя князь Ю.
— Царское величество на тебя гневен, потому и к заутрени не пришел и не велел ждать его к литургии… Ты пишешься великим государем, а у нас один великий государь — царь… Чтоб впредь ты не писался и не назывался великим государем, и почитать тебя впредь не будет.
Так рухнули любовь и согласие между царем и патриархом, и Никон решил, что при таком положении дел продолжить патриаршее служение ему невозможно.