Вместе с ним перешла и значительная часть прихожан, и некоторые из них прямо говорили, что «бывает время, когда и конюшни иные лучше церкви». Про их «сушильное бдение» донесли патриарху Никону, и однажды во двор Неронова явились стрельцы, которые захватили Аввакума вместе с паствой, били его и дергали за волосы, а потом препроводили на патриарший двор.
На другой день арестанта, закованного «юзами, чепью большою», отправили в Андроньев монастырь, где посадили на цепь в темном земляном подвале. Три дня его морили голодом и уговаривали покориться патриарху Никону, но все увещевания были напрасны, поэтому его «отдали чернецу под начало и велели волочить в церковь.
Более трех месяцев везли ссыльного протопопа до Тобольска, и немало нужд и лишений довелось ему претерпеть на этом пути.
Но вместе с ним в Сибирь проникла и весть о волнениях в русской православной церкви: Аввакум явился как страдалец за истинную веру, и потому его страстные обличения произвели в Тобольске еще большее впечатление, чем в Москве.
"В Тобольске и за его пределами распространилась молва о благочестивом протопопе. Люди шли к нему за поучениями и советом в вопросах веры, к нему водили на исцеление бесноватых, которых он старался лечить постом и молитвой. Вокруг Аввакума собрался кружок людей, привлеченных его строгой жизнью и решивших отказаться от мирской жизни и посвятить себя Богу.