Но то, что так привлекало к протопопу одних, других восстанавливало против него. Резкие проповеди и обличения его задевали интересы очень многих людей и создали ему немало врагов. На Аввакума пошли жалобы, и из Москвы пришло новое повеление — ехать в ссылку дальше.
В качестве священника Аввакума причислили к военному отряду, который отправлялся в Даурию на поиски удобных для поселений мест и для возведения там русских крепостей. По рекам Сибири отряд переправлялся на примитивных дощаниках и плоскодонных барках, и потому не раз жизнь людей подвергалась опасности.
Во главе отряда стоял грубый и жестокий воевода Пашков, и, конечно, у протопопа с ним сразу же начались столкновения.
…Взяли меня палачи перед него: он со шпагой стоит, дрожит… Он же рыкнул, яко дикий зверь, и ударил меня по щеке, тоже по другой, и паки в голову, и сбил меня с ног, и, чекан ухватя, лежачего по спине ударил трижды, и, разволокши, по той же спине семьдесят два удара кнутом… Так горько ему, что не говорю: пощади! Ион велел паки бить по бокам… Сковали руки и ноги и бросили в барку. Осень была, дождь на меня шел, всю нощь под капелию лежал.
Так всю дорогу скованного и везли Аввакума. Прибыл отряд Пашкова к Братскому острогу и расположился здесь зимовать. Протопопа посадили в холодную тюрьму, и только в середине ноября воевода распорядился перевести его в теплую избу, но и здесь его продолжали держать как преступника — в оковах и «с собаками». Весной отряд тронулся дальше: оковы с протопопа сняли и даже разрешили соединиться с семьей, но за то заставили вместе с казаками тянуть лямкою суда.