Когда возмущенные члены Собора (числом 40 человек[27] [«Велико антихристово войско собралося», — замечает протопоп Аввакум]) бросились на протопопа, он закричал им: «Постойте, не бейте! Как же вы, убивши человека, будете совершать богослужение?» После этих слов он отошел к дверям и лег на пол, тем самым выказывав полное пренебрежение к увещеваниям вселенских патриархов.
В 1667 году Аввакума сослали в небольшой городок Пустозерск — «место тундряное, студеное и безлесное», куда даже ворон костей не занашивал.
На север от города тянулся песчаный берег, а за ним раскинулось суровое море с его вечными льдами и грозными бурями. Вместе с ним в ссылку прибыли еще трое вождей «церковных мятежников»: соловецкий старец Епифаний (духовный отец Аввакума), бывший дьякон Федор Иванов из Благовещенского собора Кремля и отец Лазарь — священник из города Романова. В качестве «добавочной казни» старцу Епифанию и отцу Лазарю отрезали языки.
Тюрьмой Аввакума стала глубокая яма, вырытая в мерзлой, никогда не оттаивающей земле.
В нее был спущен бревенчатый сруб, а между стеной сруба и землей оставался узкий коридор. Все это сооружение было покрыто толстыми бревнами и засыпано землей, наподобие могильного холма. С одной стороны его был простой лаз в коридор, прикрытый тяжелой дверью с запором. Они сидели по одиночке, каждый в своем срубе — без света, без воздуха, страдая от собственных испражнений… В знак протеста против таких условий содержания протопоп и его «соузники» отказались от всякой одежды и жили в ямах голые.
Аввакум еще и постился, доведя себя до полного изнеможения. По ночам, пока стража дремала, они вылезали из своих ям и, отводя душу, вели тихие беседы. Протопоп Аввакум из своего сурового заточения ухитрялся посылать единоверцам послания, в которых призывал их к стойкости в борьбе за старую веру. Он даже здесь находил друзей и единомышленников, которые изредка приносили ему вести о том, что делается на свете, принимали его послания и разносили их по всей стране.
Своими посланиями, которые оказывались самым ходовым товаром на Красной площади и в Охотном ряду, неистовый протопоп приводил царский дом в судорожный трепет.
Когда до Москвы дошли сведения, что узники по-прежнему крестятся двумя перстами, пишут и переправляют на волю смущающие народ послания и грозят царю-вероотступнику страшными карами, отцам Епифанию и Лазарю снова урезали языки и укоротили пальцы.