Тогда царевна сама отправилась в Троицкий монастырь, но в дороге через посланного ее известили, что Петр не намерен с ней видеться, и потому ей следует немедленно возвращаться в Кремль и вещать начальника стрельцов Ф. Шакловитого. Софья еще надеялась спасти себя с помощью брата Иоанна, но тот уговорил ее не противиться Петру. Однако она не спешила с переездом и по-прежнему расхаживала по Кремлю, гордо снося от придворных упреки в непристойном поведении.
Только 5 октября покинула царевна Кремль и переехала в Новодевичий монастырь, где для нее уже были приготовлены хорошо убранные комнаты со всем необходимым.
В монастыре царевна пользовалась большим довольствием: каждый день на ее содержание выдавалось по ведру меда и мартовского пива и по два ведра приказного и хмельного пива, а также по два ведра браги. Еда тоже доставлялась в изобилии: с царского кормового двора ежедневно присылали 10 стерлядей, щуку, леща, трех язей, 30 окуней и карасей, два звена белой рыбы, зернистую икру, просольную стерлядь и белужину.
Вдоволь было у царевны и хлеба: белого, красносельского, саек, калачей, пышек, пирогов, караваев и т. д. Не обидел царь свою сестру и сладостями, повелев выдавать ей: по четыре фунта белых и красных леденцов, полфунта сахара «кенарского», по три фунта заграничных конфет и сколько угодно пряников, коврижек и всякой другой сласти.
Но ничто не могло усладить царевну Софью в ее нынешнем положении. Окна ее келий выходили на Девичье поле, и, глядя на него, царевна с томительной тоской вспоминала о былом своем величии.
За монастырской оградой она по-прежнему продолжала именовать себя самодержицею Великая, Малая и Белая России. Бездействие больше всего угнетало и удручало царевну, привыкшую к кипучей государственной деятельности. Никогда не любила она женских рукоделий, а чтения на русском языке в ту пору было мало. Да и зачем ей читать, если не с кем потом разделить беседу о прочитанном? По большим праздникам Софье разрешалось видеться с сестрами и тетками, в монастыре ее окружали прежние прислужницы, но скучны и томительны были для нее их однообразные разговоры.
Проходили годы, умерла царица Наталья Кирилловна — ее злейшая ненавистница, но положение царевны не изменилось. Брат Петр по-прежнему был суров и непреклонен; да и сама царевна, строптивая от природы и уже побывавшая у власти, не хотела покориться и просить пощады. И в заключении своем бывшая правительница старалась заводить тайные бунты против Петра, возбуждая стрельцов на новый мятеж.