Вероятно, до нее доходили слухи, что народ недоволен правлением Петра и ужасается, видя, как государь пренебрегает древними традициями и отдает предпочтение «поганым немецким обычаям». После 9-летнего заключения ей вновь стали грезиться кремлевские палаты и царский венец, и в одном из своих писем царевна Софья писала:
Пусть четыре стрелецких полка станут табором на Девичьем поле и бьют мне челом идти к Москве против прежнего на державство. А если бы солдаты, которые стоят у монастыря, к Москве отпускать меня не стали, то управиться с ними и побить их; то же сделать со всеми, кто стал бы противиться.
"И стрельцы двинулись на выручку царевне. Но возмущение их было подавлено, и все сумрачнее становился Петр по мере того, как на следствии открывалось участие Софьи в заговоре. Долго не решался он увидеть и допросить царевну, боялся, что дрогнет его сердце при виде слез сестры, однако 27 сентября он все же отправился в монастырь и с горящими глазами выложил перед ней показания стрельцов.
Стараясь не выдать своего волнения, Софья медленно перебирала допросные листы. Но письма-то ее стрельцам, улики-то самой главной — нет! И оторвавшись от бумаг, она спокойно сказала, что никаких грамот стрельцам не посылала; если они хотели звать ее на царство, то не по ее письму, а, видно, потому, что она семь лет была в правительстве. Ее упрямство и непокорность вывели царя Петра из терпения, и, как рассказывает предание, он выхватил меч и сказал, что только смерть сестры доставит ему безопасность.
Накануне стрелецкой казни царевну заперли в келье у Напрудной башни, а в полдень того страшного дня под ее окнами послышался шум и раздался конский топот. Взглянув сквозь железную оконную решетку, царевна увидела, что по полю движется длинный ряд телег со стрельцами. Задрожав всем телом, Софья забилась в угол кельи: чудился ей громкий говор, слышались рыдание и крики, и среди всего этого зловеще звучал голос Петра.