Сначала на допросе в Тайной канцелярии, а потом на исповеди он показал, что прусский король Фридрих произвел его в полковники и дал поручение — ехать в Архангельск и там подготовить побег Иоанна Антоновича: тайно похитить принца и перевезти на корабль, который специально для этого будет послан на Белое море. После признаний И. Зубарева императрица послала в Холмогоры гвардии капитана Савина, который в 1756 году доставил Иоанна Антоновича в Шлиссельбургскую крепость. Здесь его поместили в большом каземате, единственная дверь которого сообщалась с квартирой смотрителя.
Тюремщики получили строгие инструкции: именовать Иоанна ""безымянным колодником"" и самому ему не говорить, где он находится. Кроме двух офицеров и сержанта, никто не должен был видеть арестанта, а те не должны были никому сообщать, каков узник…"
"В Шлиссельбург Иоанна Антоновича, по-видимому, привезли уже не совсем здоровым, и в 1759 году поручик М. Овцын доносил, что ""хотя в нем болезни никакой не видно, только в уме несколько помешался"".
В другом сообщении он докладывал: ""Арестант здоров, а в поступках так же, как и прежде, не могу понять: воистину ли он в уме помешался или притворничествует?"" Иногда пленник бранился, буйствовал и даже дрался; а порой забивался в угол своей камеры, и, казалось, не замечал окружающих. Временами он жадно вглядывался в лица тюремщиков, пытался заговорить с ними, но они упорно молчали. Какие-то случайно оброненные слова, воспоминания детства и разговоры все-таки запечатлелись в его памяти, и однажды он сказал Овцыну: ""Я — человек великий, и один подлый офицер у меня то отнял и имя переменил"".
В другой раз, оскорбленный отношением к нему стражников, он решил напомнить им о своем высоком положении: ""Смеешь ли ты на меня кричать? Я — здешней империи принц и государь ваш"". Солдат долго слушал, а потом с размаху ударил узника кулаком в висок, отчего тот упал и потерял сознание.
Еще Елизавета Петровна запретила упоминать об Иоанне Антоновиче: указы и постановления его царствования были изъяты, а портреты, медали и изображения малолетнего императора и его матери уничтожались.
Все уличенные в том, что оставили у себя монеты с изображением Иоанна Антоновича, подвергались суровому наказанию (им отрубали руки). Проходили годы, скончалась Елизавета Петровна, в результате заговора был убит Петр III, на престол взошла Екатерина II, и только в Шлиссельбурге все оставалось по-прежнему.
Но об узнике помнили, и само его существование уже таило в себе угрозу.
