Комендантом Петропавловской крепости был тогда генерал от инфантерии, кавалер многих орденов Александр Яковлевич Сукин, которому на другой день после восстания император пожаловал звание генерал-адъютанта. На следствии комендант говорил декабристам: ""Вы, господа, читали все: и Дессю, и Констана, и Бентама, и вот куда попали. А я всю мою жизнь читал только Священное Писание, и смотрите, что заслужил"".
Следствие по делу декабристов возглавлял сам император Николай I, и, по воспоминаниям многих из них, на допросах царь ругался, грозил, льстил, увещевал… После допроса декабристов опять отводили в крепость с записками от императора, в которых коменданту указывалось, как содержать заключенных.
Они сидели в Секретном доме Алексеевского равелина, в сырых и темных казематах Зотова и Трубецкого бастионов, казематах Никольской, Кронверкской и других куртин. Некоторые декабристы одно время содержались в казематах Невской куртины, и с наступлением лета жены заключенных начали подъезжать сюда на яликах, чтобы через окна переговариваться с ними.
А. А. Бестужев весь период следствия провел в камере № 1 Никольской куртины. Его сестра впоследствии вспоминала, как она старалась подольше задержаться при входе в крепость, так как ""Александр Александрович сидел у Никольских ворот, к парку, по левой руке — крайнее окно"". Заключенными были переполнены все камеры Алексеевского равелина, все бастионы и куртины Петропавловской крепости, но и их оказалось недостаточно.
"Так как число арестованных все росло и росло, Николай I повелел построить в крепостных амбразурах особые клетки, которые были страшнее самых ужасных казематов Алексеевского равелина. В декабре 1825 года арестантских помещений в Кронверкской куртине не существовало.