Морозову завели дело, в котором говорилось:
А про тех раскольников и про иных, и как живет она… в той же прелести, и на святую церковь непристойными словами поносит, и не покоряется, и святых тайн, по новоисправленным служебникам которые священники служат, от них не причащается, и хулы страшные износит… И про то все ведают сообчницы ее погибели, дворовые ее жонки…
На церковном Соборе 1666–1667 годов раскольников отлучили от церкви и объявили вне закона Стрельцы и воеводы чинили над ними расправу, Аввакума и его единомышленников сослали в Пу-стозерск… А в доме боярыни Морозовой продолжала пребывать тайная раскольничья община, которую возглавляла старица Мелания, отличавшаяся не меньшей приверженностью к старой вере, чем сам протопоп.
"Великому государю не повинуешься… За твое прекословие приидет на тя и на дом твой огнепальная ярость царева, и повелит дом твой разграбити.
К тому времени боярыня Морозова в придворных кругах считалась «заблудшей овцой» и для царского окружения была «не в пример и не в образец». Однако думные бояре не решались создать прецедент, и на первых порах царь ограничился экономическими санкциями.
Для царя Федосья Прокофьевна и ее сестра были не рядовыми противницами его помыслов и церковной реформы, ведь их роды были очень влиятельными во время правления первых двух царей из династии Романовых.